CRUSOE se configura como una entidad de representación institucional y de cooperación de las universidades asociadas. Su objetivo consiste en contribuir a la potenciación y mejora de la educación superior y el desarrollo territorial, a través de la cooperación interuniversitaria, el diálogo entre universidades y agentes sociales, además de la cooperación institucional con gobiernos regionales y estatales.

• Favorecer el pensamiento crítico, la cultura de la libertad y el pluralismo, así como los valores propios de una sociedad democrática, abierta y solidaria.
• Promover el respeto a los derechos humanos y al medio ambiente, la responsabilidad social y la cooperación internacional.
• Defender los principios de justicia, independencia, igualdad y no discriminación por razón de nacimiento, raza, sexo, religión, opinión o cualquier otra condición o circunstancia personal o social.
• Impulsar la formación integral de las personas que les capacite para ejercer a lo largo de la vida como ciudadanos responsables y profesionales cualificados.
• Contribuir al progreso sostenido y sostenible de la sociedad mediante la transferencia y la socialización del conocimiento.
• Estimular la comunicación y el diálogo entre los pueblos.
• Asumir la cultura de la calidad, la evaluación, la transparencia y la rendición de cuentas.

• Promover y desarrollar la calidad de la educación superior, la investigación, la transferencia de conocimiento y la innovación, así como la difusión de la ciencia y la cultura en orden a la consecución del progreso social.
• Representar a las Universidades e Institutos Politécnicos que la componen y fomentar la cooperación entre éstas y las Administraciones, Corporaciones públicas y los agentes sociales.
• Consolidar la proyección social y el compromiso de las Universidades e Institutos Politécnicos con la sociedad.
• Fortalecer la calidad y la cohesión de las Universidades e Institutos Politécnicos, y el estrechamiento de las relaciones entre ellos, respetando sus singularidades.
• Defender la autonomía de las Universidades e Institutos Politécnicos ante los poderes públicos y la sociedad española y portuguesa.
• Ser un referente de conocimiento en lo que a la educación superior se refiere.
• Potenciar la internacionalización de las Universidades e Institutos Politécnicos asociadas.
• Cooperar con entes públicos y privados en orden a la realización de actuaciones de interés común para las Universidades e Institutos Politécnicos.
• Representar a las Universidades e Institutos Politécnicos asociados en los organismos internacionales.